Τα τείχη και το αυτοτελές φρούριο
Η πόλη περιβάλλεται από ισχυρά τείχη που σε ορισμένα σημεία είναι άριστα διατηρημένα. Με βάση τα συστήματα τοιχοποιίας η κατασκευή τους τοποθετείται στους κλασικούς και ελληνιστικούς χρόνους, αν και ορισμένα τμήματα, ιδιαίτερα στην Άνω Πόλη, ίσως ανήκουν στην Αρχαϊκή περίοδο. Εντυπωσιακή είναι η διατήρηση των τριγωνικών ενάλληλων πύργων του Βορείου σκέλους του τείχους, που είναι μοναδικοί στο είδος τους στον Ελλαδικό χώρο.
Σε ύψωμα απέναντι από την Ακρόπολη, ΝΑ της πόλης, σώζονται τα λείψανα μικρού αυτοτελούς ελληνιστικού φρουρίου. Εδώ ίσως ήταν η έδρα της Μακεδονικής φρουράς που εγκατέστησε στην Κύθνο ο Φίλιππος ο Ε´ το 201 π.Χ. και η οποία συνέβαλε αποφασιστικά στην ανεπιτυχή έκβαση της πολιορκίας της πόλης το 199 π.Χ. από τις συνασπισμένες δυνάμεις των Ροδίων, της Περγάμου και των Ρωμαίων. Δεν θα πρέπει να αποκλειστεί το ενδεχόμενο το οχυρό να χτίστηκε ή να ξαναχρησιμοποιήθηκε αργότερα από τους Ροδίους, αφού λίγα χρόνια αργότερα η Κύθνος φαίνεται ότι πέρασε στη Ροδιακή επιρροή.
Τριγωνικός πύργος στην ΒΔ απόληξη του τείχους της αρχαίας πόλης.
Το αυτοτελές φρούριο (στο βάθος) από την Ακρόπολη. Λήψη από Βόρεια.
Το υδραγωγείο
Μέσα στην πόλη σώζονται πολλές υπόγειες δεξαμενές που προορίζονταν για τη συλλογή των βρόχινων νερών (μερικές χρησιμοποιούνται ακόμη και σήμερα), ενώ ένας υπόγειος αγωγός διοχέτευε το κεντρικό υδραγωγείο της πόλης με νερό από την πηγή στη θέση Τρύπιο που βρίσκεται λίγα χιλιόμετρα έξω από την πόλη. Από το υδραγωγείο και την παρακείμενη κρήνη σώζονται τρεις παράλληλες στοές σκαμμένες στο φυσικό βράχο που επικοινωνούν στο βάθος με τέταρτη, που τις τέμνει εγκάρσια, καθώς και η κρήνη που καταλαμβάνει το χώρο μπροστά από τις δεξαμενές. Δίπλα από το υδραγωγείο διερχόταν μία βαθμιδωτή οδός που συνέδεε το λιμάνι με τα ιερά της Άνω Πόλης.
Άποψη της κρήνης και του υδραγωγείου, από ΝΔ.
Το δημόσιο Κτίριο 5 από τα Βόρεια (Πρυτανείο;).
Η αγορά (;) και το Πρυτανείο (;)
Το 2009, κοντά στο ιερό, αποκαλύφθηκε ένα ορθογώνιο οικοδόμημα (Κτίριο 5). Πρόκειται για σημαντικό κτίριο διαστάσεων 17 Χ 10 μ. Η ΝΑ αίθουσα ήταν πλακόστρωτη, ενώ στη ΒΑ βρέθηκε εστία. Υποθέτουμε ότι πρόκειται για οικοδόμημα δημόσιου, ίσως και εμπορικού χαρακτήρα, ενώ η κατασκευή στο μέσον του ΒΑ δωματίου φαίνεται ότι είχε λατρευτικό προορισμό. Η πιθανότερη υπόθεση είναι ότι πρόκειται για το Πρυτανείο των Κυθνίων, καθώς μεταξύ των άλλων αποκαλύφθηκε και μια τελετουργική εστία (με αυτήν σχετίζονται αρκετά αναθήματα). Τα παλαιότερα ευρήματα επιτρέπουν τη χρονολόγηση του οικοδομήματος στους κλασικούς χρόνους, αν και η παρουσία πολυάριθμων ευρημάτων της ελληνιστικής περιόδου στις άμεσες επιχώσεις του οικοδομήματος συνιστούν αποδείξεις για τη χρήση του κτιρίου και κατά τους ελληνιστικούς χρόνους. Ο πιθανός δημόσιος χαρακτήρας του Κτιρίου 5 σε συνδυασμό με τα ευρήματα του παρακείμενου μνημειακού Αναλήμματος 4 δεν αποκλείουν την εκδοχή ότι στην περιοχή αυτή βρισκόταν η αναζητούμενη Αγορά της αρχαίας πόλης της Κύθνου.