Ιστορία της Κύθνου - Ρωμαϊκη περίοδος/Μεσαίωνας
Κατά τους Ρωμαϊκούς χρόνους η Κύθνος, όπως και τα άλλα νησιά των Κυκλάδων, παρακμάζει και χρησιμεύει άλλοτε ως τόπος εξορίας (βλ. π.χ. Τάκιτος, Annal. III, 66-69) και άλλοτε ως ορμητήριο πειρατών. Από τιμητική επιγραφή που βρέθηκε στον Πειραιά μαθαίνουμε ότι κατά τον 1ο αι. π.Χ. η Κύθνος καταλήφθηκε από πειρατές τους οποίους εκδίωξε Αθηναίος ναύαρχος που ασφαλώς τελούσε υπό τις διαταγές των Ρωμαίων. Στην ίδια επιγραφή τονίζεται ότι το ίδιο πρόσωπο αποκατέστησε το πολίτευμα, πράγμα που ίσως θα πρέπει να ερμηνεύσουμε σαν ένδειξη μακροχρόνιας πειρατικής κατοχής του νησιού (IGII23218).
Ο Τάκιτος αφηγείται ένα ακόμη σχετικό επεισόδιο (Ιστορ. ΙΙ, 8 και 9): το 68 μ.Χ., επί αυτοκρατορίας Γάλβα, κάποιος τυχοδιώκτης που διακήρυττε ότι ήταν ο Νέρων που είχε διαφύγει το θάνατο συγκρότησε ισχυρό πειρατικό σώμα από δούλους και λιποτάκτες και μετέτρεψε την Κύθνο σε ορμητήριό του. Το επόμενο έτος ο Ρωμαίος διοικητής L. Calpurnius Aspernus, καθ' οδόν προς την Επαρχία της Γαλατίας-Παμφυλίας φόνευσε τον «ψευδονέρωνα» και περιέφερε την κεφαλή του για παραδειγματισμό ανά την Ασία και στη συνέχεια τη Ρώμη (69 μ.Χ.).
Οι ιαματικές πηγές του όρμου των Λουτρών αξιοποιήθηκαν ασφαλώς κατά τη Ρωμαϊκή περίοδο, αν και ένα αναθηματικό ανάγλυφο του 4ου π.Χ. αι. από την Κύθνο που παριστάνει την υποδοχή του Ασκληπιού από κάποιο τοπικό ήρωα δηλώνει πιθανότατα ότι υπήρχε ήδη από τα ύστερα κλασικά χρόνια κάποιο ιερό στη θέση αυτή.
Στις πηγές αυτές οφείλεται ως γνωστόν και η μεταγενέστερη ονομασία του νησιού σε «Θερμιά».
Η αρχαία πρωτεύουσα του νησιού φαίνεται ότι εγκαταλείφθηκε οριστικά κατά τους Παλαιοχριστιανικούς χρόνους, η δε νέα πρωτεύουσα ιδρύθηκε σε απόκρημνη τοποθεσία στο βόρειο άκρο του νησιού, γνωστή σήμερα ως Κάστρο (του Κατακεφάλου ή της Ωριάς). Το Κάστρο ήταν η έδρα της ιταλικής φεουδαρχικής οικογένειας των Κοζαδίνων (Gozzadini) οι οποίοι κυριάρχησαν στο νησί από το 1337 έως το 1617. Το πόλισμα καταστράφηκε από τον τουρκικό στόλο και τα πειρατικά του Χαϊρρεντίν Μπαρμπαρόσσα στα 1537. Σύμφωνα όμως με τη μαρτυρία του καθολικού Επισκόπου Σύρου Αντ. Ιουστινιάνη, η οριστική εγκατάλειψη τοποθετείται γύρω στα 1570 μ.Χ.