Εισαγωγή
Η πανεπιστημιακή ανασκαφή στη θέση «Βρυόκαστρο» της Κύθνου (Κυκλάδες) άρχισε το 2002 και συνεχίζεται έως σήμερα, σε συνεργασία με την ΚΑ' Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων. Είχε προηγηθεί συστηματική επιφανειακή έρευνα κατά τα έτη 1990-1995. Η θέση ταυτίζεται με την αρχαία πόλη της «Κύθνου» της ομώνυμης νήσου των Κυκλάδων, η οποία κατοικήθηκε από τον 10ο αι. π.Χ. έως και τον 6ο-7ο αι. μ.Χ. Οι έως σήμερα ανασκαφές έφεραν στο φως ένα ασύλητο ιερό των αρχαϊκών, κλασικών και ελληνιστικών χρόνων. Ο δίδυμος ναός βρέθηκε άθικτος, με όλα τα πολύτιμα ως επί το πλείστον αφιερώματα στη θέση τους. Νότια του ναού ανασκάφτηκαν δύο βωμοί καθώς και ένας εκτεταμένος «αποθέτης» που περιείχε και αυτός εκατοντάδες πολύτιμα αφιερώματα. Δυτικά του ιερού η ανασκαφή έφερε στο φως ένα δημόσιο κτίριο της κλασικής περιόδου (πιθανόν το πρυτανείο). Νοτιότερα, στο ίδιο πλάτωμα, οι ανασκαφές έφεραν στο φως δύο μνημειώση οικοδομήματα των κλασικών-ελληνιστικών χρόνων και έναν βωμό. Παράλληλα ερευνήθηκε το εσωτερικό παρακείμενης αρχαίας δεξαμενής, η οποία απέδωσε σημαντικά κινητά ευρήματα και επιγραφές. Όλα τα στοιχεία συνηγορούν στην αποδοχή της άποψης ότι εδώ λατρεύονταν η Αφροδίτη, ο Ασκληπιός και οι Θεοί της Σαμοθράκης. Από το 2018 οι έρευνες εστιάζουν στη βραχονησίδα "Βρυοκαστράκι" όπου ήρθε στο φως τμήμα οχύρωσης με παρακείμενα δωμάτια, αναλημμα και μνημειώδης βωμός που ανήκουν σε σημαντικό ιερό των αρχαϊκών - ελληνιστικών χρόνων, και τρίκλιτη Παλαιοχριστιανική βασιλική.
Παράλληλα, από το 2005 έως και 2011 πραγματοποιήθηκε, με τη συνεργασία της Εφορίας Εναλίων Αρχαιοτήτων, υποβρύχια έρευνα και ανασκαφή του αρχαίου λιμανιού του Βρυοκάστρου. Η διεθνής ομάδα αρχαιολόγων-δυτών, αποτύπωσε ολόκληρη τη λιμενολεκάνη και τα κτίσματα που εντοπίστηκαν τόσο στην ακτή όσο και κάτω από τη θάλασσα και το 2007 άρχισε η ανασκαφή ενός εξ αυτών, που μάλλον ταυτίζεται με τμήμα του καταβυθισμένου παράκτιου οχυρωματικού τείχους. To 2008-09 μάλιστα η ανασκαφή έφερε στο φως στο βυθό σημαντικά μαρμάρινα αγάλματα της ρωμαϊκής περιόδου.
Η ανασκαφή πραγματοποιείται από τον Τομέα Αρχαιολογίας του Τμήματος Ιστορίας, Αρχαιολογίας και Κοινωνικής Ανθρωπολογίας (ΙΑΚΑ) του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας, με τη συνεργασία της ΚΑ' Εφορείας Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων και της Εφορείας Εναλίων Αρχαιοτήτων. Επικεφαλής της ερευνητικής ομάδας του πανεπιστημίου είναι ο καθηγητής Αλέξανδρος Μαζαράκης Αινιάν. Την ΚΑ’ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων του ΥΠ.ΠΟ.Α. εκπροσωπεί η αρχαιολόγος κ. Θεοδώρα Παπαγγελοπούλου (και παλαιότερα η κ. Βασιλική Γιαννούλη) υπεύθυνη για τις αρχαιότητες της Κύθνου. Συνδιευθυντές από πλευράς ΕΦΑ Κυκλάδων και Εφορείας Εναλίων Αρχαιοτήτων είναι οι Δρ Δημήτρης Αθανασούλης και Δρ Δημήτρης Κουρκουμέλης, αντίστοιχα.